Persebaran flora dan fauna bisa terhambat oleh adanya fenomena-fenomena geosfer , antara lain : gerakan lempeng, perubahan permukaan laut, munculnya pegunungan dan perubahan pola aliran. Pada umumnya faktor-faktor yang mempengaruhi atau menghambat persebaran adalah sebagai berikut : Iklim (Klimatik), keadaan iklim sangat mempengaruhi persebaran flora dan fauna. Unsur-unsur iklim yang menghambat persebaran adalah suhu, curah hujan, kelembapan udara dan angin. Keadaan Tanah (Edafik), kondisi unsur hara tanah, tekstur tanah, tingkat kegemburan tanah, mineral hara, air tanah, (porositas) dan kandungan udara sangat berpengaruh terhadap perkembangbiakkan tumbuhan, sedangkan bagi binatang sanagat berpngaruh pada pola makan. Kondisi Geografis, dapat menjadi pengahambat bagi persebaran flora dan fauna.Tinggi rendahnya permukaan bumi mempengaruhi pola penyinaran matahari. Bentang alam juga dapat menjadi penghambat berypa padang pasir, samudera, sungai dan pegunungan. Faktor Biotik, yang menghambat persebaran bisa dikarenakan ulah anusia ataupun terjadinya perubahan habitat shingga dapat menghambat kelangsungan hidup.
Persebaran Flora di Indonesia
Persebaran flora di Indonesia terbentuk karena adanya peristiwa geologis yang terjadi pada jutaan tahun lalu,yaitu pada masa pencairan es (zaman glasial). Persebaran flora di wilayah Indonesia itu sendiri terbagi dalam 4 kelompok besar wilayah flora Indonesia, yaitu :
a) Wilayah Flora Sumatera-Kalimantan
Tersebar di pulau Sumatera dan kalimantan serta pulau-pulau kecil di sekitarnya (Nias, Enggano,Bangka, Belitung, Kep. Riau, Natuna, Batam, Buton, dll), contoh flora khas yang tumbuh adalah Bunga Bangkai(Raflesia Arnoldi)
b) Wilayah Flora Jawa-Bali
Tersebar di Jawa, Madura, bali dan pulau-pulau kecil disekitarnya (Kepulauan seribu, Kepulauan Karimunjawa). Contoh flora khas yang tumbuh adalah pohon Burohal (Kepel)
c) Wilayah Flora Kepulauan Wallacea
Tersebar di pulau Sulawesi, Timor, Kepulauan Maluku dan Nusa Tenggara. Contohnya pohon Sagu
d) Wilayah Flora Papua
Meliputi wilayah Papua dan pulau-pulau kecil disekitarnya. Contoh Flora Khas yang tumbuh adalah Ucalyptus, sama dengan tumbuhan yang tumbuh di daerah Quensland Australia Utara.
Persebaran Fauna di Indonesia
1. Fauna Indonesia Barat
Fauna yang ada di Indonesia barat bertipe Asiatis atau memiliki kemiripan dengan fauna yang ada di benua Asia. Di sebut juga wilayah fauna dangkalan Sunda. Persebarannya meliputi :
a) Pulau Sumatera dan pulau-pulau kecil disekitarnya (Nias, Enggano, Bangka, Belitung, kepulauan Riau, dll)
b) Pulau jawa dan pulau-pulau kecil disekitarnya(Nusa Kambangan, Nusa Barung, Madura, Kepulauan Seribu, Pulau Vulkan Karakatau, dll).
c) Pulau Kalimantan
d) Pulau Bali
Wilayah fauna Indonesia Barat berbatasan dengan wilayah Indonesia tengah, garis khayal yang membatasinya dinamakan Garis Wallacea.
Beberapa fauna yang terdapat di wilayah Indonesia Barat antara lain :
§ Jenis Mamalia, meliputi gajah, badak bercula satu, tapir, rusa, banteng, kerbau, monyet, orang utan, harimau, tikus, bajing, kelelawar, ajag, landak, kijang dan babi hutan.
§ Jenis Reptil, meliputi buaya, kura-kura, kadal, ualar, tokek, biawak, bunglon dan trenggiling.
§ Jenis Burung, meliputi burung hantu, merek, elang, jalak, kutilang dan berbagai macam unggas.
§ Jenis Serangga, meliputi kumbang badak (kumbang Jawa)
§ Jenis Ikan air tawar, misalnya ikan pesut (lumba-lumba air tawar di sungai Mahakam)
2. Fauna Indonesia Tengah
Wilayah persebaran fauna Indonesia Tengah juga sering disebut dengan wilayah fauna Kepulauan Wallacea atau cukup fauna Wallacea saja. Selain itu juga sering disebut sebagai wilayah fauna peralihan, yaitu wilyah yang memisahkan antara wilayah fauna Indonesia Barat dengan wilayah fauna Indonesia Timur. Wilayah fauna Indonesia Tengah meliputi daerah :
1. Pulau Sulawesi
2. Pulau Timor
3. Kepulauan Nusa Tenggara, seperti Flores, Sumba, Lombok, Komodo, dan pulau-pulau kecil lainnya.
Wilayah fauna Indonesia Tengah terletak diantara Garis Wallace dan garis Weber. Garis Wallace memisahkan wilayah fauna Indonesia Tengah dengan Indonesia Barat. Garis Weber memisahkan wilayah fauna Indonesia Tengah dengan Indonesia timur.
Beberapa jenis fauna yang hidup di wilayah fauna Indonesia Tengah antara lain :
1. Mamalia, meliputi anoa, babi rusa, ikan duyung, kuskus, monyet hitam, beruang tarsius, monyet saba, kuda, sapi, dan banteng.
2. Reptil, meliputi biawak, kura-kura, buaya, ular dan komodo.
3. Amfibia, meliputi katak air, katak pohon, dan katak terbang.
4. Berbagai macam burung, meliputi burun dewata (burung cendrawasih), mandar, maleo, raja udang, burung pemakan lebah, rangkong, kakak tua, nuri dan merpati.
3. Fauna Indonesia Timur
Wilayah fauna Indonesia Timur disbut juga wilayah fauna dangkalan Sahul. Jenis-jenis fauna yang terdapat di wilayah ini bertipe Australis. Maksudnya jenis fauna yang hidup mirip dengan fauna-fauna di Australia.
Persebaran wilayah fauna Indonesia Timur meliputi :
1. Kepulauan maluku dan kepulauan kecil di sekitarnya.
2. Papua (Irian) dan sekitarnya.
Wilayah fauna Indonesia Timur berbatasan dengan wilayah fauna Indonesia tengah dibatasi oleh Garis Weber dan termasuk dalam kelompok fauana dunia zona Australis.
Beberapa jenis fauna Indonesia Timur antara lain :
1. Mamalia, terdiri atas kangguru, walaby, beruang, nokdiak (landak Iran), oposum layang (pemanjat berkantung), kuskus, kangguru pohon, dan kelelawar.
2. Reptilia, terdiri atas buaya, biawak, ular, kadal dan kura-kura.
3. Amfibia, terdiri atas katak pohon, katak terbang dan katak air.
4. Burung, terdiri atas nuri, raja burung, kasuari, cendrawasih dan namudur.